Esta nota contiene spoilers de Kingdom Hearts II, por lo que si desean conocer la historia jugando al título, les recomendamos que no continúen con la lectura. Además, para entender algunos conceptos, pueden ver nuestra Guía para entender Kingdom Hearts.
Kingdom Hearts II comienza con la simulación en la que quedó Roxas tras el final de Kingdom Hearts: 358/2.
Roxas se despierta en su habitación de Villa Crepúsculo (Twilight Town) luego de tener un sueño extraño, quedándole pocos días de sus vacaciones de verano para disfrutar con sus mejores amigos: Hayner, Pence y Olette.
Aparte de los sueños, otros sucesos extraños comienzan a ocurrir alrededor de la vida de Roxas, lo que lo hace dudar de su propia existencia. Sin saberlo, Roxas se encuentra en una Villa Crepúsculo simulada, en donde sus amigos nunca tuvieron una relación de amistad real con él. Y en medio de todo esto, Axel, quien fuera el mejor amigo de Roxas en su paso por la Organización XIII intenta ayudarlo a salir de ese mundo virtual creado por DiZ.
El objetivo de todo esto es restaurar los recuerdos de Sora, al coste de la propia existencia de Roxas como tal. Finalmente, gracias a la ayuda de Naminé, Roxas logra recuperar sus recuerdos y entender que su destino está ligado al de Sora (quien llevaba un año durmiendo), ya que el mismo Roxas es un Incorpóreo que nació de Sora. Por ende, al llegar a la habitación donde este se encuentra dormido, Roxas da por terminadas sus vacaciones de verano y comprende que su destino es el de unirse a Sora, para así lograr que despierte.
Al unirse nuevamente, Sora despierta de su sueño para encontrarse con Goofy y Donald quienes se quedaron a su lado durante todo ese año. Los 3 amigos terminan encontrando al Maestro Yen Sid, quien les alerta de una nueva amenaza conocida como la Organización XIII, para luego lanzarse nuevamente a la búsqueda del Rey Mickey y Riku.
Durante su viaje, descubren que Kairi fue secuestrada por la Organización XIII, así como el Ansem que Sora, Donald y Goofy derrotaron durante Kingdom Hearts 1 no era Ansem en sí, sino a un Sincorazon (Heartless) de Xehanort.
Ansem el Sabio tenía un aprendiz (Xehanort), quien se volvió un Sincorazón y a su vez se apropió de su identidad, llevando el nombre de Ansem. Por su parte, el Incorpóreo (Nobody) que se creó en el proceso se convirtió en el líder de la Organización XIII y adoptó el nombre de “Xemnas”.
Mientras continuaban buscando a Kairi, los héroes fueron emboscados por enemigos, aunque finalmente pudieron derrotarlos gracias al sacrificio de Axel para proteger a Sora y, en consecuencia, a Roxas. Gracias a esto Sora y compañía llegan al castillo base de la Organización XIII, donde finalmente pueden rescatar a Kairi, descubre la verdad sobre Roxas y Naminé y se encuentran con Riku, quien se había transformado físicamente en Ansem debido a que aceptó la oscuridad dentro del él (hecho que ocurre en Kingdom Hearts 358/2 Days) para utilizar su poder (así como Terra había hecho en su momento), aunque luego puede recuperar su apariencia original.
El grupo termina conociendo al Ansem el Sabio real, quien ahora se hacía llamar “DiZ” (Darkness in Zero) en su búsqueda de venganza contra los aprendices que lo habían traicionado, aunque luego entra en razón haciendo explotar el castillo.
Igualmente, el grupo aún debía enfrentarse a Xemnas, el Incorpóreo de Xehanort, a quien finalmente logran derrotar. Gracias a la ayuda de Naminé, todos pudieron escapar del Reino de la Oscuridad, a excepción de Sora y Riku debido a que el portal que había abierto se cerró abruptamente por la intervención de Xemnas, quien había sobrevivido al combate, aunque los amigos logran derrotarlo nuevamente.
Sora y Riku estaban a punto de darse por vencidos en su búsqueda por regresar a su hogar cuando, gracias a Kairi, pudieron volver a las Islas del Destino donde todos sus amigos los estaban esperando.
Poco después, Sora, Riku y Kairi reciben una carta del Rey Mickey, convenciéndolos que su viaje aún no había terminado, la cual es enviada al finalizar Kingdom Hearts Re:Coded.
